Według przyjętego projektu SCT obejmie obszar całego Śródmieścia i fragmenty dzielnic centralnych. Jej granica będzie przebiegać:

aleją Prymasa Tysiąclecia – od Alej Jerozolimskich do styku z linią kolejową nr 20 w rejonie ul. Czorsztyńskiej; 
liniami kolejowymi nr 20, 501, 9 i 7; 
ulicą Wiatraczną; 
aleją Stanów Zjednoczonych; 
mostem Łazienkowskim; 
aleją Armii Ludowej; 
ulicą Wawelską; 
ulicą Kopińską od ul. Wawelskiej do ulicy ppłk. M. Sokołowskiego „Grzymały”; 
ulicą ppłk. M. Sokołowskiego „Grzymały”; 
Alejami Jerozolimskimi od ul. ppłk. M. Sokołowskiego „Grzymały” do alei Prymasa Tysiąclecia. 
Łącznie SCT obejmie obszar 37 km kw., czyli 7 proc. powierzchni stolicy. 

Ulice graniczne będą znajdowały się poza strefą czystego transportu.

Na granicach strefy umieszczone zostaną specjalne znaki drogowe. Przy wjeździe nie będzie szlabanów. 

W Warszawie na stałe zostaną też zamontowane dodatkowe znaki, które nie są wymagane przepisami. To informacyjne znaki wyprzedzające znajdujące się na skrzyżowaniach oddalonych od granicy strefy. Pozwolą kierowcom na ewentualną zmianę trasy, jeśli ich sytuacja tego wymaga.

Dokładny przebieg strefy możesz zobaczyć na interaktywnej mapie miejskiej.